يقتصر الطالب فيها على دراسة النحو والصرف والبلاغة والعروض والمنطق والفقه, ومن الكتب الدراسية المتعارف عليها في هذه المرحلة هي:

في النحو والصرف:

• الأجرومية: لمؤلفها عبد الله بن يوسف بن أحمد بن هشام.
• قطر الندى وبل الصدى: لابن هشام الأنصاري.
• ألفية بن مالك مع شرحها: ومنها شرح ابن عقيل الهذلي.
• الأجرومية: لمؤلفها عبد الله بن يوسف بن أحمد بن هشام.
• للتوسع والتعمق في التجويد يدرس الطلبة كتاب مغني اللبيب لابن هشام (صاحب القطر).

أما في البلاغة والمعاني والبيان:

• بعض الطلبة يدرس المطول لمسعود بن عمر بن عبد الله التفتازاني.
• البعض يدرس جواهر البلاغة لأحمد بن إبراهيم الهاشمي.
• البعض يدرس البلاغة الواضحة.
• أما في الحوزة الزينبية فيدرس كتاب شرح المختصر لسعد الدين التفتازاني على تلخيص المفتاح الخطيب القزويني في المعاني والبيان والبديع.

وأما في المنطق:

• الحاشية: لملا عبد الله.
• تحرير القواعد المنطقية في شرح الرسالة الشمسية: لقطب الدين الرازي.
• وفي الحوزة الزينبية يدرس كتاب المنطق للشيخ المظفر.

وأما في الفقه:

• المختصر النافع: في فقه الإمامية للمحقق الحلي.
• شرائع الإسلام في مسائل الحلال والحرام: للمحقق الحلي مع تعليقات السيد صادق الشيرازي.
• وتدرس أيضاً في هذه المرحلة مجموعة فتاوي المجتهد الأعلى وقت الدراسة وهو ما يصطلح عليه بالرسالة العملية.

فالطالب يتهيأ لدراسة الكتب الاستدلالية والأصولية والفقهية والعقائدية والفلسفية فيقرأ الأستاذ مقطعاً مقطعاً من الكتاب ويشرح الموضوع بما يزيل الغموض والإبهام. ويستمع لما يثيره الطلبة من تعليقات فيصحح آرائهم أو يتنزل عندها إذا كانت آراؤهم جديرة، وتتسم هذه المرحلة بالطابع الاستدلالي في الفقه والكلام , ومن الكتب التي تدرس في المرحلة الثانية:

في الأصول :

• معالم الأصول: لنجل الشهيد الثاني.
• دروس في علم الأصول: للسيد الشهيد محمد باقر الصدر.
• وفي الحوزة الزينبية أصول الفقه للشيخ محمد رضا المظفر.
• الرسائل (فرائد الأصول)للشيخ الأنصاري.

وفي الفقه :

• الروضة البهية في شرح اللمعة الدمشقية: الأصل للشيخ محمد بن جمال الدين مكي العاملي الشهير بالشهيد الأول, والشرح للشهيد الثاني زين الدين الجبعي العاملي.

وفي الفلسفة :

• بداية الحكمة: للسيد محمد حسين الطباطبائي.

وفي علم الكلام :

• تجريد الاعتقاد : لنصير الدين الطوسي.

وهي المرحلة التمهيدية للتخصص، وتتميز بالدراسة الاستدلالية في علم الفقه وأصوله، وعلم الرجال والحديث , ومن الكتب التي تدرس في المرحلة الثالثة:

في الفقه :

• المكاسب: للشيخ مرتضى بن محمد أمين التستري الأنصاري وهو ثلاثة كتب (المكاسب المحرمة والبيع والخيارات).

وفي الأصول :

• كفاية الأصول: للشيخ محمد كاظم الخراساني المعروف بالآخوند.

وفي الفلسفة :

• نهاية الحكمة : للسيد محمد حسين الطباطبائي.

المرحلة الرابعة: وهذا هو الدور الأخير الذي ينتقل إليه الطالب في دراسته بعد أن وقف على هذه الآفاق الرحبة من الفكر الإسلامي العظيم. والبحث الخارج حلقات دراسية يقوم برعايتها كبار علماء الحوزة العلمية فيختار الأستاذ بحثاً فقهياً أو أصولياً أو بحثاً في تفسير القران أو في الحديث النبوي يلقيه على شكل محاضرات وقد تكون للأستاذ (المجتهد) محاضرتان في اليوم. وطريقة التدريس في هذه المرحلة تختلف جذرياً عن طرق التدريس فيما سبقها من المراحل إذ أن المدرس هنا يعرض مادة البحث عرضاً كاملاً مع كافة آراء علماء الطائفة والمذاهب الإسلامية، ودليل كل صاحب رأي ليناقشه ويؤيده أو يفنده بالدليل العلمي والحجج القاطعة ليصل إلى الرأي الخاص به بالمسألة عارضاً معه دليله الخاص الذي اعتمده. ويتفق أن يحضر حلقة من هذه الحلقات أكثر من ألف طالب ويستمر الطالب على هذا النمط من الدراسة حتى يبلغ مرحلة الاجتهاد. وقد يكون الطالب هنا مدرساً لمن هو أدنى منه في سلم التحصيل.

إن الحوزة العلمية تبلغ بالطالب إلى درجة الاجتهاد وهي معرفة الشريعة أصولاً وفروعاً من مصادرها فيطمئن إليه في البحث والاستنباط وصياغة الدليل والجمع بين الأحاديث ووجوه الرأي ومناقشة الأقوال فيبدي رأيه وتوجيهه.